Появилась такая задача — товаров много, около 20000 штук. Удалять вручную — бред!
Идем в phpmyadmin и делаем запрос к базе
DELETE relations.*, taxes.*, terms.*
FROM wp_term_relationships AS relations
INNER JOIN wp_term_taxonomy AS taxes
ON relations.term_taxonomy_id=taxes.term_taxonomy_id
INNER JOIN wp_terms AS terms
ON taxes.term_id=terms.term_id
WHERE object_id IN (SELECT ID FROM wp_posts WHERE post_type='product')
И будет вам счастье. Только резервную копию нужно не забыть сделать!