Тупил со скриптом
FOR %%a IN (C:\1\files\*.*) DO (C:\"Program Files"\"Crypto Pro"\CSP\csptest.exe -sfsign -sign -in %%a -out %%a.sig -my "Общество с ограниченной ответственностью «Мое имя»")
Криптопро ругается, что серта такого нет. Заменил имя серта на email кому выдан и все ок ;)
КриптоПРО: Bat файл создания ЭЦП | Блог доброго программиста.